目前，发酵被应用于医药工业，食品，能源，化工，农业和环境保护。发酵和其他化学工业的大区别在于它是一种由微生物参与的生物化学反应。一般来说，发酵过程是在正常的温度和压力下进行的生化反应，反应安全要求的反应条件简单。
       发酵过程中采用的原料是的，通常基于淀粉，糖蜜等农副产品，只需添加少量的有机和无机氮源反应即可进行。由于种类不同，微生物可以选择性地利用所需营养。基于这一特性，微生物可以利用废水和废物作为发酵的原材料来修复和新生物资源。
       发酵过程是由微生物的自动调节来完成的，使反应特异性强，可以得到其它的单一代谢产物；它可以对化合物的某些特定部分进行高度选择性的化学转化反应，如氧化，还原，等，也会产生一些复杂的高分子化合物。
       菌种是发酵的基本因素，通过菌株突变及筛选，可以获得高产的好菌株和充分利用生产设备，也可以得到一些用常规方法很难生产的产品。
       与其他行业相比，发酵可达到显著的经济效益而且具有投资少、见效快的优点。
       与传统发酵相比，现代发酵工程除了上述特性也有自身的优势。
       除了微生物，我们也可以利用“工程菌”在和动物和植物细胞和酶的帮助下参与反应。该设备不仅是传统的发酵罐也是各种高水平的的连续化和自动化生物反应器，使发酵过程得到改进和创新。